С Debian 10 и примерно соответствующей ей Ubuntu strongswan закрыт аппармором, через это все инструкции типа «создайте ссылки на сертификаты в /etc/letsencrypt/live/yourdomainnamehere» перестали работать.
Решение чертовски простое, хоть и не очевидное. Надо добавить в /etc/apparmor.d/local/usr.lib.ipsec.charon две строчки:
/etc/letsencrypt/live/yourdomainnamehere/* r, /etc/letsencrypt/archive/yourdomainnamehere/* r,